Начало Wolfenstein 2: The New Colossus описывает события, начавшиеся вскоре после финала первой части, которая закончилась для главного героя довольно трагично, несмотря на успешно выполненное задание. Так, нацистский генерал Череп был успешно ликвидирован, однако он успел устроить перед гибелью самоподрыв гранатой, взрывом и осколками зацепило и стоящего совсем рядом Бласковица, которого в бессознательном и тяжелом состоянии подобрали союзники и доставили на подводную лодку "Молот Евы", угнанную во все той же первой части ранее.
Субмарина теперь служит этакой мобильной базой и транспортным средством одновременно для повстанцев, однако нацисты сумели вычислить ее местонахождение и с помощью Аусмерсера вытащили на поверхность воды, совершив высадку и проникнув внутрь. Теперь большинство коридоров и кают судна кишат нацистами, а нам в роли раненного Бласковица приходится прямо на инвалидной коляске по этим коридорам ездить и попутно отстреливать всех на своем пути. Такая вот завязка сюжета в начале Wolfenstein 2: The New Colossus.