В Watch Dogs 2 управление обычно работает без особых нареканий, причем это актуально как для клавиатуры с мышью, так и для геймпадов, однако в последнем случае - не всех, так как некоторые с игрой конфликтуют и не функционируют, как надо. В случае возникновения проблем с управлением рекомендуется отключить на время контроллер/геймпад, если он у вас подключен, а вы играете на клавиатуре. Возможно, они просто "мешают" друг другу.
Кроме того, стоит проверить, что у вас выбрано в настройках управления в игре как приоритетное устройство ввода. Также убедитесь, что неработающее устройство подключено правильно и исправно само по себе.
