Сюжет Watch Dogs 2 рассказывает о вымышленных событиях, происходящих в альтернативной версии американского города Сан-Франциско в наши дни. Игроку отводится роль хакера по имени Маркус Холлоуэй родом из Калифорнии. Когда Маркус переехал в Сан-Франциско, он тут же обосновался в самом центре Силиконовой Долины, где очень скоро нашел коллег и единомышленников из организации DedSec.
Объединив усилия с последними, мы бросаем вызов алчным корпорациям и проворовавшимся городским властям, в чем нам помогут как уникальные знания и умения протагониста, так и его техническое обеспечение.