В Uncharted 4 секреты встречаются повсеместно - всяческие пасхалки, отсылки и просто занятные моменты, слегка скрытые от глаз недостаточно внимательного игрока. Так, например, в одиннадцатой главе после решения головоломки с колоколами игрок попадает в помещение с новой головоломкой по изображениям пиратов, причем левый пират явно отсылает к Monkey Island.
Есть в Uncharted 4 и отсылка к другому культовому детищу разработчиков - Last of Us, пасхалка выражена в виде жетона цикад, который можно найти в девятой главе после решения головоломки с ведрами. А в эпилоге есть постер Last of Us: American Daughters. Также нашлось место пасхалке, отсылающей к игре Crash Bandicoot, которую можно видеть в четвертой главе, в эту же игру играет дочь главного героя в эпилоге. Все перечисленное - лишь примеры секретов в Uncharted 4, которых на деле, разумеется, куда больше.