Сюжет Total War: Warhammer 3 повествует об ожесточенной борьбе, развернувшейся между сразу несколькими враждующими фракциями за уникальное наследие бога Кислева - медведя Урсуна. Последний традиционно в конце зимы издавал свой громкий рев, после чего приходила оттепель, однако и без того несладкая жизнь в Кислеве стала еще хуже, когда могущественное существо промолчало - теперь кругом продолжает царить холод, а само божество куда-то пропало.
На поиски Урсуна была отправлена целая экспедиция царицей Катариной, которой предстоит разобраться, в чем проблема, правда, все усугубилось тем, что дорога шла через оскверненные Хаосом земли и глава экспедиции, Юрий, не устоял под натиском тьмы. Найдя в конечном итоге Урсуна, он не спас его, а наоборот поранил - ослабленный бог попал в руки древнему демону Белакору, который стремится впитать силу божества себе. Если это случится, мир станет одной сплошной выжженной землей. Собственно, игроку предстоит не дать демону это сделать и добраться до Урсуна для его спасения, для чего у всех игровых фракций есть свои мотивы.