Сюжет The Final Station не отличается большой замысловатостью: игроку повествуется история машиниста, который в один день проснулся после ночного кошмара, а затем отправился на работу. На месте, пообщавшись с коллегами, он садится на поезд и ведет его по маршруту к следующей станции, где снова ничего не предвещает беды - на месте что пассажиры, что персонал вокзала.
Однако постепенно обстановка портится: сначала нам дорогу перекрывают военные, а затем мы оказываемся в небольшом провинциальном городке, который по непонятным причинам полностью пуст - вокруг ни души. Живой души - мертвых-то как раз вокруг полно, а вот окрестности патрулируют агрессивные существа "черные", которые уже довольно слабо напоминают тех, кем они были раньше - людей. Мы должны дать отпор монстрам и понять, почему все это произошло.
