Отзывы, полученные The Callisto Protocol после релиза, оказались весьма смешанными и неоднозначными: доля положительных из них, например, в магазине Steam достигает всего лишь 62%, что крайне скромный показатель по меркам игры с такими амбициями и таким бюджетом.
Доставалось в этих самых отзывах авторам The Callisto Protocol за далекий отход от канонов жанра (игра попросту не страшная и дает слишком эффективные инструменты в борьбе с противниками), за обилие технических ошибок и плохую оптимизацию, слабый сюжет, скучный игровой процесс, несбалансированные сражения.
Те, кто игрой остались довольны, среди ее достоинств отмечали отличный звуковой дизайн, атмосферу, колоритных второстепенных персонажей.