Прокачка в Teenage Mutant Ninja Turtles: Shredder's Revenge выполнена довольно примитивно, что вряд ли кого-то должно удивлять: мы все же говорим об игре жанра бит-эм-ап, а не какой-то RPG. Ключевая сущность этой прокачки - она автоматическая, вы не сможете как-то что-то распределять по умениям. Герой становится сильнее по мере того, как игрок набивает очки и выполняет поставленные перед ним игрой задания - это дополнительные активности, чаще всего очень незамысловатые, порой - откровенно легкие, вроде уничтожения трех врагов за уровень разбиваемыми преградами. Бывает и посложнее, например, пройти весь уровень без получения урона.
Так вот, прокачка в Teenage Mutant Ninja Turtles: Shredder's Revenge состоит из десяти уровней для всех героев, по мере набора очков у персонажа появляются новые приемы, увеличивается количество жизней и полоса энергии. При этом можно вернуться на прошлые уровни и перепройти их ради получения нужных достижений под прокачку.