Яйца в Subnautica: Below Zero, как и в реальной жизни, выступают в качестве способа размножения представителей местной фауны. Они встречаются повсеместно по разным уголкам мира, а для игрока имеют интерес в связи с тем, что их можно подобрать, положить в крупный аквариум и в результате обзавестись особью существа, которое из подобранного яйца вылупится. У яиц есть и альтернативная сфера применения в виде биореактора, где с их помощью можно добывать энергию.
Яйца обычно имеют округлую или эллипсоидную форму, чем в целом напоминают яйца обычных привычных нам всем земных организмов, размножающихся с их помощью.