Кризисы в Stellaris - это такие события, которые характерны уже для поздних этапов игры, их цель - ликвидация всей жизни по галактике. Кризисы провоцируются действиями космических империй, например, исследование опасных технологий или просто грубые ошибки в управлении. С началом кризиса все враждующие империи открывают свои границы для объединений усилий в борьбе с ним. Объединяются также флоты, в том числе и угасших империй, если захватчики подберутся слишком близко. Кризис может пройти только один, а если возникает непредвиденное обстоятельство, то рой Преторианцев может вовсе не появиться, но может быть и наоборот.
Любые попытки договориться с агрессорами ничем не закончатся - либо вы их остановите, либо галактика будет ими завоевана, третьего не дано. В начале игры при создании галактики степень жесткости кризиса можно настроить. Чем больше карта, тем агрессивнее будут захватчики.