В Stellaris понятие аномалии немного отличается от того, что мы себе обычно представляем, услышав это слово. В данной игре они являются одной из особенностей разведки, с которой вы иногда сталкиваетесь при посещении чужих миров. Аномалии эти нуждаются в исследовании учеными на борту судна, однако успешность такой работы не гарантируется и зависит напрямую от уровня ученого, который разбором аномалии занимается. Однако не последнюю роль в этом играет и уровень аномалии, которые также могут быть более или менее сложными.
По своей сущности аномалии в Stellaris представляют собой загадочные обелиски, странные планетарные черты, а также руины внеземных цивилизаций. А если исследование пройдет успешно, иногда стартуют специальные проекты, направленные на получение выгоды. Неудачные же исследования обычно становятся причиной исчезновения аномалии, если не повезет - погибнут ученые, которые занимались этими исследованиями.