Миссии в Star Conflict проходят в формате PvE, то есть сражаться приходится не с другими игроками, а с мобами, управляемыми искусственным интеллектом. Обычно в ходе миссий мы действуем в команде, состоящей из четырех пилотов.
Каждая из миссий в Star Conflict разбита на несколько этапов, по окончанию которых все повреждения с кораблей снимаются, они будут как новенькие. На каждом из этапов в силу могут вступать определенные условия - например, постоянное восстановление корпуса всех без исключений кораблей.
Вообще, миссий в Star Conflict имеется всего семь - Верфь "Блэквуд", Захваченный дредноут, Добывающая станция, Операция "Алая мгла", Налет на базу "Эллидиум", Налет на секретную верфь и Пиратский комплекс.