В первой части мы играем за вольного сталкера - для него военные являются злейшими врагами по умолчанию. Никакой возможности вступить к ним не только нет, но и даже подойти к базе военных на Кордоне вам никто безнаказанно не даст - откроют огонь на поражение.
Во второй части играем за наемника - эти тоже с военными не дружат, в чем можно убедиться, едва зайдя с болот на Кордон. Вас "тепло" встретят огнем из крупнокалиберного пулемета, бьющего удивительно точно и наносящего большой ущерб. Ни о каком вступлении в военные также не может идти речь.
А вот в Зове Припяти вступать особо никуда не надо - мы играем за военного майора Дегтярева, правда, именно к военным сможем добраться лишь в Припяти.
В остальных двух частях же вступить в команду военных не предусмотрено никакой возможности.