В Stalker 2 представлено довольно много группировок, в том числе те, которые присутствовали еще в оригинальной трилогии: вольные сталкеры, бандиты, «Долг», «Свобода», ученые, наемники и «Монолит». Пожалуй, сильнее всего изменилась ситуация для «Долга», который в сиквеле оказался в серьезном упадке.
В то же время появилось немало новых группировок:
МСОП: Международная служба охраны периметра. Фактически они заменили собой военных, занимаются исключительно контролем периметра Зоны, не заходя вглубь ее.
«Варта»: военизированная организация, главной функцией которой является охрана ученых из НИИЧАЗ. Также фактически является «полицией» Зоны, следящей за порядком. Именно «Варта» принудила всех подписать договор Д4, подразумевавший полную остановку войн группировок.
НИИЧАЗ: Научно-исследовательский институт Чернобыльской аномальной Зоны. Фактически - большая частная организация, которая имеет огромные ресурсы и ставит целью исследование Зоны, чтобы направить ее ресурсы на благо Большой земли. К примеру, изучается возможность преобразования аномальной энергии в электрическую.
«Искра»: группировка, являющаяся прямым оппонентом НИИЧАЗ с прямо противоположными целями, желая обеспечить свободу Зоны. Хотя занимается примерно тем же - исследует Зону и добывает информацию о проекте «Х».
«Полдень»: формирование, которое организовал Бродяга из бывших монолитовцев, вернувшихся к нормальной жизни после отключения пси-установок в оригинальной трилогии. Стремятся очистить Зону от различных отходов - радиоактивных, химических и прочих, чтобы сделать ее максимально комфортной для проживания.
«Корпус»: подопечные главного героя «Зова Припяти» Дегтярева. Базируются в Припяти и ставят перед собой цель защищать территорию непосредственно Припяти и сталкеров, которые там находятся.