Управление в Splinter Cell в целом отражает общую ситуацию по игре: сложное и замысловатое в первых частях и примитивное в частях последних. Если в ранних играх серии задействовалась куча клавиш, регулировалась скорость бега, была необходимость задерживать дыхание во время стрельбы с оптическим прицелом, то в последних играх Splinter Cell такого нет и близко.
Унификация игр и для консолей тоже сказалась: количество задействованных клавиш сократилось чуть ли не в два раза. В частности львиную долю всех действий по умолчанию стал исполнять пробел, что хоть и удобно, но не всем нравится. В целом же управление в Splinter Cell достаточно удобное и приятное, как для опытных геймеров, так и для новичков.