История Splinter Cell рассказывает о Сэме Фишере - бравом солдате, который успел повоевать в Ираке и других горячих точках, отлично себя там зарекомендовал и потому был взят на работу Агентством Национальной Безопасности в только что созданную структуру Третий Эшелон.
Многие годы Сэм трудился на них верой и правдой, однако для его же блага была инсценирована смерть его единственной дочери, являющейся для Фишера вообще смыслом жизни. После этого Сэм взялся за самое сложное задание, с блеском его выполнил, но работодатель не оценил его шага по убийству коллеги и друга Ламберта, чтобы выполнить задание и не сдать себя террористам.
После на Сэма начинается настоящая охота, устроенная его же бывшими работодателями, которая закончилась для них же плачевно: Сэм в команде с Грим разоблачил предательство Третьего Эшелона, после чего тот был расформирован.
Вместо расформированной структуры была создана новая, во главе которой уже встал сам Сэм Фишер - она получила название "Четвертый эшелон". На этом пока что история Splinter Cell заканчивается, но концовка последней части Blacklist явно намекает на продолжение. Будем ждать...