На фоне смены протагониста в Spider-Man: Miles Morales многие игроки вполне предсказуемо заинитересовались, где же тогда основной главный герой для этой вселенной - Питер Паркер? С этим персонажем все в порядке: он не просто знаком с Майлзом, но еще и тренируется с ним, помогая оттачивать паучьи навыки. Но в какой-то момент возлюбленная Паркера Мэри-Джейн уехала из Нью-Йорка в Симкарию (что на самом деле произошло еще в дополнении к оригинальной игре), дабы подготовить журналистский материал об этой стране в Европе (в реальности не существующей).
Паркер же в Spider-Man: Miles Morales просто отправился к ней, дабы оказать со своей стороны всестороннюю помощь, а Майлз Моралес остался единственным Человеком-Пауком, действующим в городе к моменту событий игры.