Как это часто бывает в случае с играми такого жанра, сюжет Skyforge довольно примитивен и большой глубиной не поражает. Все завязано на том, что где-то есть планета Элион, названная в честь своего первого покровителя - бога Элая, пока он правил - там все было хорошо, затем бог, обеспечивавший стабильность и благополучие мира, исчез, а его практически совершенный мир стал очень уязвим для внешнего вторжения с других планет - желающих хватало.
Однако Элион, даже лишившись своего главного защитника, совсем беззащитным все равно не стал: от армии пришельцев этот мир пытаются защищать бессмертные, объединяющиеся ради общей цели. Игрокам отводится роль именно таковых. Далее сюжет Skyforge фактически не развивается, так как все повторяется циклически - враги напирают, атаки отражаются геймерами.