В Shadow Tactics: Blades of the Shogun довольно многочисленные и разнообразные персонажи, поскольку их много, перечислим основных из них и опишем очень кратко. Итак, Хаято - это ниндзя, который способен расправляться со врагами на дистанции с помощью сюрикена; Юки - молодая девушка, специализирующаяся на кражах, умеет устанавливать ловушки; Муген - доблестный самурай, привлекающий врагов бутылкой сакэ и способный атаковать целую область, нанося массовый урон.
Аико - шпионка, способная маскироваться под мирную жительницу; Такума - возрастной, но умелый снайпер, который также может использовать гранаты разных видов, имеет собаку-компаньона, способную отвлекать врагов. К слову, о врагах: они тоже разные и условно делятся на три категории: простые охранники (низкая дисциплина и легкое отвлечение), соломенные шляпы (более высокая дисциплина и не ведутся на примитивный обман) и самураи (самые тяжелые противники, для ликвидации обычно нужна слаженная работа нескольких персонажей).