Сюжет Shadow of the Tomb Raider начинается с того, что главная героиня держит путь в Мексику, где ее задачей является устранение местной ячейки "Тринити", а компанию ей составляет Иона Майав. Вместе им удается найти ранее не посещенный храм, но затем в результате неосторожности древнее сооружение было разрушено. После этих событий Лара и Иона вернулись в Косумель, где первая уведомляет вторую, что нашла некоторые подсказки, которые ведут нас в Перу.
В результате главной героине удалось найти церемониальный кинжал, который также нужен и "Тринити". Взять его было плохим решением, однако Лара сумела выбраться наружу, вступив в бой с наемниками "Тринити". Будучи в засаде, Крофт вынуждена бросить кинжал. И хоть наемники ушли, наступающее цунами все еще несет критическую угрозу. Спастись удалось, найдя высокое здание, где уже находится напарник, который удержал Лару от отбытия в Перу, тем самым вынудил наблюдать последствия, спровоцированные ее же неосторожными действиями.
В конечном итоге Лара и Иона отправляются в Перу, где их настиг второй катаклизм после цунами - буря. Она разрушает самолет, тем самым разделив обоих персонажей. В конечном итоге оба оказываются в затерянном городе Пайтити, где и разворачивается основное действие игры.
