Сюжет Remnant 2 описывает события, происходящие спустя несколько десятилетий после действия истории оригинальной игры. Протагонист по стечению обстоятельств попадает в Блок 13, в котором уже весьма много лет людям особо не грозят никакие опасности извне. После того, как был запущен Камень мира, возглавляющий выживших Форд с Клементиной, девушкой с магическими способностями, исчезли в потустороннем мире. А нам же предстоит отправиться в непростое и опасное путешествие, чтобы вытащить исчезнувших людей обратно.
В основе всех проблем здешнего игрового мира лежит пережившая апокалипсис Земля, пострадавшая от нашествия "Корня" - так называли рой древообразных чудовищ из других миров, очень быстро буквально уничтоживший человеческую цивилизацию, остатки которой потеряли все свои блага и были вынуждены бороться за выживание.
