Враги в Prey - это разновидности инопланетной формы жизни, тифонов. Также вражескими по отношению к вам будет различная техника, работающая со сбоями (а если переборщите с прокачкой способностей пришельцев - то и правильно работающая), а еще простые люди-земляне, разум который контролируется тифонами.
Что до самых тифонов, то их немало разновидностей, каждый из которых имеет свои сильные и слабые стороны, свою степень угрозы для игрока, свои подходы для ликвидации и свои особенности, которые необходимо учитывать в бою. Например, мимики могут прикинуться обычным стулом и любым другим предметом обихода, тем самым атакуя вас в самый неподходящий момент. А ведь это - самый слабый враг в игре. В то время как самого сильного, красноречиво именуемого "Кошмар", убить вовсе невозможно вплоть до поздних стадий игры, когда появится очень мощное оружие, много способностей и продвинутая экипировка.