Прокачка в Prey в целом реализована довольно незамысловато: для улучшения характеристик персонажа от игрока всего-то требуется найти и использовать неймромоды, которые можно направить на активацию разных способностей и умений. При этом не все умения требуют одинакового количества этих самых нейромодов: какие-то окажутся "дороже", а какие-то - "дешевле". Чем эффективнее способность, тем больше нейромодов на нее придется потратить.
Что до расположения нейромодов, то они разбросаны по всей территории Талоса-1, но чаще всего для их выявления недостаточно идти строго по сюжетной линии: нужно более глубоко и основательно прочесывать локации. Нейромоды нередко просто валяются на столах в побочных помещения, в сейфах, можно их найти и при обыске трупов - в общем, исследуйте все, куда можете проникнуть.