Если у вас возникает проблема с сохранением в Prey, вам нужно прежде всего обновить игру до ее последней версии. Изначально эта проблема была очень широко распространена, причем проблемы эти самые имели самый разный характер: начиная тем, что файлы сохранений становились "битыми" и заканчивая тем, что игра вовсе "отказывалась" сохраняться.
Разработчики довольно оперативно отреагировали на жалобы игроков, выпустив соответствующий патч, исправляющий неправильную работу сохранений. Тем самым и "битые" сэйвы вернулись к жизни и стали полноценно функционировать.