Если у вас не сохраняется Prey, значит, вы используете не последнюю версию игры. Эта проблема была типичная для всех в первые дни после релиза, однако разработчики оперативно все исправили, выпустив соответствующий патч. Достаточно обновить Prey до актуальной версии, чтобы трудности с сохранением ушли в небытие.
Попутно авторы исправили и другие проблемы, характерные для ранних версий проекта: например, искоренили вылеты при загрузках некоторых локаций и так далее.
После установки патча все сохранения работают, в том числе те, что стали "битыми".