Конец Prey целиком зависит от действий игрока на разных этапах прохождения. Предупредим, что дальше - самый настоящий спойлер, так что кто хочет проходить ее самостоятельно - лучше не читайте.
Так вот, если концовка получится хорошей, то выяснится, что главный герой, оказывается, результат эксперимента, мимик, находящийся в реконструкции, а все происходящее на станции - просто симуляция, созданная на основе воспоминаний настоящего Моргана. Симуляция проводилась для того, чтобы внедрить человека в мимика после того, как Землю захватили тифоны.
Если вам удастся сохранить как можно больше жизней, в конце ваши действия одобрят спасенные вами персонажи, они попросят Алекса сохранить мимика-Моргана, вероятность чего повышается минимумом нейромодов тифонов. Будет возможность будущего, в котором тифоны и человечество смогут мирно сосуществовать.
Что до плохих вариантов конца Prey, то они возникают от того, что вы убиваете выживших и не помогаете никому, пытаетесь убить Алекса или провоцировать самоуничтожение Талоса-1, спаслись в спасательной капсуле - тогда вы таки спасетесь, а станция будет уничтожена.
Если у вас будет много нейромодов пришельцев и вы будете сбегать со станции с другими выжившими, они будут осуждать ваши действия. Ну и есть еще вариант, что найдете ключ запуска одной из спасательных капсул и сумеете покинуть станцию, избегая ее самоуничтожения и не уничтожая пришельцев нуль-волновым эффектом. Тогда Алекс просто выключит всю симуляцию и скажет: "Это не то, у нас не получилось".