Геймплей в Prey довольно необычный по меркам жанра, поскольку эта игра значительно сложнее и запутаннее, чем рядовой его (жанра) представитель. Здесь нет привычного коридорного дизайна локаций, куча обходных путей и вариантов для прохождения, здесь весьма непростые для противостояния враги, в то же время критически мало боеприпасов.
Также еще одной важной особенностью геймплея Prey можно смело называть различные головоломки: иной раз проникнуть в какую-то комнату совсем непросто, нужно изрядно напрячь извилины, но в то же время обычно существует минимум два способа это сделать. В общем, игра хоть и сложная, разнообразная, но прямо пропорционально интересная.