Поменять покемона в Покемон Го на другого нет никакой возможности, но зато ненужных вам персонажей можно обменять на конфеты у профессора.
Для этого вы просто активируете кнопку "transfer", расположенную внизу экрана, после чего сможете отправить своего питомца к профессору на опыты, а он в награду вам выдаст ту самую конфету, поднакопив которые, сможете потратить на прокачку других покемонов.