Сюжет The Outer Worlds описывает события в альтернативной реальности в отдаленном будущем - в 2355 году. В этом витке истории президент США Уильям МакКинли остался жив, тем самым не пустив на высший пост страны Теодора Рузвельта. Последствием стало то, что большие трастовые объединения не подверглись разрушению, в результате чего было создано гиперкорпоратистское общество. В этом обществе доминировали большие корпорации, которые с особым усилием и рвением стремились заниматься колонизацией и при необходимости терраформированием планет, далеких от Земли. Действие игры разворачивается в системе Алкион, подконтрольной корпорациям.
Второй из кораблей колонистов пострадал от сбоя скачкового двигателя, в результате чего вместо 10 лет пути колонисты добирались к цели все 60. Разумеется, столь большой отрезок времени способствовал полной колонизации Алкиона, а корпорации решили отказаться от колонистов, которых нельзя было реанимировать из-за слишком большого времени пребывания в гибернации. Космическое судно было отбуксировано далеко от цели, а существование его, как и колонистов, было засекречено. Спустя 35 лет ученый-мошенник Финеас Уэллс попал на борт этого корабля, где взял капсулу с главным героем и увез в свою лабораторию, где ему удалось за счет экспериментальных препаратов вывести его гибернации.
После Финеас отправил протагониста на соседнюю планету, а там тот был втянут в масштабный заговор, ставящий под угрозу всю колонию. С этим всем нужно будет разбираться игроку.
