Сюжет Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 4 начинается с описания событий в середине Четвертой мировой войны, где ниндзя Наруто раскрывает злодея, который считается убитым лучшим другом наставника нашего героя. Негодяй успел пробудить легендарного зверя с десятью хвостами, вслед за чем команда Саске и реанимированный Хокаге идут на помощь группе Наруто. В борьбе последнему и Саске все же удалось одолеть Обито.
Далее Мадара пытается победить Хокаге, но при попытке убить Наруто и Саске оба ниндзя пробудили новые силы, унаследованные от Мудреца шести путей. С помощью Какаши и Сакуры героям удалось закрепить Кагую, после чего они вступают в финальный бой, дабы решить судьбу поселения. В финале именно Наруто стал новым Хокаге, в то время как Саске возвращается в это самое поселение.
