Управление в Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 4 довольно нетипичное ввиду специфики игры, что вызывает серьезный дискомфорт у многих геймеров. Штатная раскладка клавиш выглядит следующим образом:
BACKSPACE - назад;
ENTER - старт;
Вверх - снаряжение ниндзя;
Вниз - снаряжение ниндзя;
Влево - снаряжение ниндзя;
Вправо - снаряжение ниндзя;
I - Чакра (зажимайте, чтобы накопить);
K - Прыжок;
J - Сюрикены;
L - Удар;
Z - Поддержка 1;
Q - Тех. подмены;
U - Поворот камеры;
X - Поддержка 2;
E - Защита;
O - Поворот камеры;
W - Ходьба вперед;
S - Ходьба назад;
A - Ходьба влево;
D - Ходьба вправо;
4 - Смена персонажа;
1 - Смена персонажа;
2 - Смена персонажа;
3 - Смена персонажа.
Отдельно отметим комбинации в Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 4:
I + L = Основная техника;
I + K = Рывок чакры;
I + J = Сюрикен с чакрой;
I + I + L = ульта.