Достаточно часто игроки интересуются, о чем вообще сюжет в Mortal Shell, однако здесь ситуация довольно сложная. Проблема в том, что этого самого сюжета здесь толком-то и нет - ему сами разработчики практически не уделили никакого внимания, ограничившись лишь базовой информацией, которая ровным счетом никуда не углубляется и толком не развивается.
Так, действие разворачивается в погибающем мире, пережившем некую катастрофу, в результате чего те, кто сумел уцелеть, отличаются весьма агрессивным нравом и так и норовят сделать главному герою что-то плохое.
С лором игра предлагает знакомиться посредством всевозможных записок и описаний предметов, а сюжет повествуется не непосредственно и четко, а с помощью метафор и философии. Философии, в которой нет особого смысла - все ограничивается лишь "таинственными" надписями и фразами от персонажей. Все это нацелено в большей степени на создание особой мрачной атмосферы, но именно сюжета в Mortal Shell толком и нет.