1. Боссы Мортал Комбат, Блейз
Этот босс - основной персонаж, призванный спасти мир от гибели. Блейз является огненным элементалем, который был создан для того, чтобы вычислять новых могущественных воинов, появляющихся в разных мирах. Как только наберется достаточное количество таких солдат, босс должен начать сражение, которое должно будет восстановить баланс сил во вселенной.
Блейз родом из Эдении, о его возрасте нет достоверной информации. Его союзники: Делия, Тейвен и Аргус. Единственный враг - Дэйгон. Блейз владеет следуюшими боевыми стилями: Пламя, Хапкидо, Ксин Уи, Ждит Кун До.
2. Боссы Мортал Комбат, Дарк Кан
Этот босс сравнительно недавно появился в игре. После того как Шао Кану не удалось вторгнуться в Земное Царство, Рейден выпустил в Кана заряд молнии, когда тот хотел унести ноги через портал. В этот же момент на Земле, Супермен убивает злодея, который тоже хотел сбежать через портал, выстрелом лазера. Так как оба действия происходили одновременно в разных мирах, злодейские силы слились и породили супер существо - Дарк Кана.
Возраст босса - меньше года, он выходец из Внешнего Мира и Метрополиса. Основные враги Дарк Кана - Супермен и Рейден.
3. Боссы Мортал Комбат, Онага
Этот босс относится к одним из самых могущественных в игре. Его возраст - более 10 000 лет и он управлял Внешним Миром еще до прихода Шао Кана. После того как он был воскрешен, его союзниками стали Барака, Таня, Милина, Куан Чи, Шанг Цунг и Хотару. Основные враги Онаги: Синдел, Шао Кан, Китана, Рейден, Суджинко, Лю Кенг, Ли Мей, Ашра, Джейд, Соня Блейд, Кунг Лао, Бо'Рай Чо, Ермак, Скорпион и Саб-Зиро.
Основное преимущество босса Онаги заключается в его сверхчеловеческой силе и полной неуязвимости к магическим заклинаниям. К тому же он может воскрешать мертвых.
4. Боссы Мортал Комбат, Смертельный Альянс:
Это временно объединение было сформировано после того как два могущественных колдуна: Шанг Цунг и Куан Чи заключили между собой договор. Основная цель Смертельного Альянса - завоевание Земли с помощью армии Короля Драконов, чтобы получить полный контроль над мирами. Основные союзники Альянса: Мавадо, Шиннок, Хсу Хао, Таня, Кано, Барака, Молох, Драмин. Противники: армия Эдении, Рейден, Онага, Китана, Ермак, Скорпион, Лю Кенг, Кенши.
5. Боссы Мортал Комбат, Шанг Цунг
Шанг Цунгу, могущественному колдуну, уже более 1000 лет. Он был рожден на просторах Земного Царства, но сотрудничал с Шао Каном. Через некоторое время он создал альянс с Куан Чи и практически осуществил свою мечту, которая заключалась в захвате Внешнего Мира. Шанг Цунг может перевоплощаться в других воинов и высасывать из людей души. Этот босс относится к человеческой расе и мастерски владеет следующими боевыми стилями: Змея, Журавль, в которых орудует своим острым Прямым Мечом. Союзники Шанг Цунга: Горо, Шао Кан, Куан Чи и Кано. Враги: Земные воины, Лю Кенг, Кенши, Рейден, Соня Блейд, Кунг Лао.
6. Боссы Мортал Комбат, Шао Кан
Этот босс является ключевой фигурой в игре, основная цель которого - получить полный контроль во вселено Мортал Комбат. Шао Кан не только великолепный воин, но и отличный стратег, имеющий глубокие познания в черной магии. Он умеет высасывать души из побежденных противников и манипулировать ими. Шао Кан беспощаден в бою и отличается способностью собирать вокруг себя союзников и организовывать их работу.
Этому боссу уже более 10 000 лет, он прекрасно владеет такими боевыми стилями, как Лю Хе, Тай Чи, в которых орудует своим Молотом Гнева. Его враги: Кенши, Кунг Лао, Бо'Рай чо, Кибер Саб-Зиро, Смоук, Джейд, Кабал, Страйкер, Джакс, Джонни Кейдж, Рейден, Лю Кенг, Китана, Ночной Волк и Соня Блейд. Все остальные персонажи состоят в сговоре с императором внешнего мира Шао Каном.
7. Боссы Мортал Комбат, Шиннок
Босс Шиннок является выходцем из Небес, но проживающим в Преисподней. Когда-то он был Старшим Богом, поэтому обладает бессмертием. Шиннок владеет боевым стилем Ко Шоу, в котором использует свой Посох с амулетом и Нагинату. Союзники босса: Куан Чи, Нуб Сайбот, братство тени, Дэйгон, Таня, Рэйко и Рептилия. Своими врагами он считает: Райдена, Китану, Шао Кана, Старших Богов, Лю Кенга, Соню, Джакса, Синдела.
Шиннок опирается не только на свою силу и устрашение, но и на великолепные стратегические планы и магию. Он обладает неизмеримой силой, которая заключается в управлении темными силами. После смерти Шао Кана, он стал управлять Преисподней и делает он это с еще большей озлобленностью и беспощадностью.