Сюжет Mortal Kombat XL повествует о событиях, которые происходят после действия прошлой части серии - Mortal Kombat 2011-го года. Хронологически охватывает двадцать пять лет, которые проходят после поражения Шао Кана в Земном царстве. Львиная доля защитников последнего погибла, но подоспело новое поколение. В то же время падшему старшему богу Шинноку удалось освободиться из преисподней и тут же приступить к попыткам захватить Земное царство при помощи небезызвестного Куан Чи, а также группы ревенантов и целой армии демонов-они.
Победивший Шиннока Джонни Кейдж заточил поверженного врага в его собственный амулет, который спустя 25 лет попал в руки Милины, как раз пытающейся захватить трон Внешнего Мира, сместив императора Коталь Кана. Упомянутый уже выше Джонни и Соня Блейд не остались в стороне, организовав спецотряд с целью вернуть амулет. Последнему удается разделаться с Милиной, но амулет забрать не вышло: его похитила тайно трудящаяся на Куан Чи ДиВора. У некроманта получилось таки выпусть Шиннока из заточения, однако захватить источник жизни Земного Царства не удалось - Кэсси Кейдж сумела его отстоять.
