В Mortal Kombat XL игрок, начав свой путь, наткнется на предложение выбрать одну из доступных фракций. Фракции эти представлены в количестве пяти штук: Lin Kuei, White Lotus, Brotherhood of Shadows, Special Force и Black Dragon. Когда вы остановите свой выбор на одной из них, в случае успешно проведенных боев фракция будет получать очки, играющие роль в противостоянии между сторонами. Набирать эти очки возможно как в онлайновом режиме, так и в оффлайновом. А еще вместе с выбором фракции несколько изменится внешний вид главного меню Mortal Kombat XL, а аватарка игрока получает соответствующие значки.
Однако изменения на этом и закончатся, из чего следует вывод, что выбор фракции здесь не играет принципиального значения, все они по-своему чем-то интересны, так что просто наслаждайтесь игрой и не волнуйтесь, что выбрали какую-то не ту сторону.