Сюжет Mortal Kombat 1 фактически перезапускает всю франшизу, хотя и берет за основу прошлые события, которыми закончилась прошлая часть: там Лю Кан победил Кронику, вслед за ней разобрался с Шанг Цунгом, а в итоге и сам получил власть Повелителя Времени - вся история оказалась написана с нуля. Тем самым вселенная Mortal Kombat 1 - это как параллельная реальность классической, жизненный путь каждого персонажа был переписан, но все герои - старые знакомые.
Так вот, переписанная Лю Каном вселенная - это мир, где Земное царство и Внешний мир сосуществуют в мире и гармонии. Тем не менее, турнир по-прежнему регулярно проводится, но уже в качестве дани уважения традициям, а не борьбы за выживание. Вместе с тем тишь да благодать длилась недолго: в какой-то момент история повторилась, оба мира оказались под угрозой, с которой нам и предстоит справиться.
