Сюжет Metro Exodus описывает события, происходящие в 2035 году в мире, пережившим ядерный апокалипсис: в результате ядерной войны, случившейся более двадцати лет назад, планета изменилась до неузнаваемости, а немногочисленным выжившим в результате конфликта пришлось столкнуться с крайне суровой новой реальностью: отсутствие благ цивилизации, малое количество ресурсов, за которые ведется ожесточенная конкуренция, опасные мутанты, высокий радиационный фон...
События сюжета Метро: Исход отталкиваются от положительной концовки прошлой игры серии - Metro: Last Light. Артем в компании выживших рейнджеров ордена "Спарты" покинул московский метрополитен, захватив модифицированный паровоз "Аврора", на котором было решено отправиться на восток для поиска места для новой жизни - есть поводы полагать, что и за пределами Москвы есть выжившие и почти наверняка имеются более безопасные зоны, не так пострадавшие от радиации.