Смерть Гарруса в Mass Effect 2 на сюжет Mass Effect 3 радикально никак не повлияет. По сути, изменения косметические - если ваш Шепард - персонаж женского пола, то продолжить или построить роман с Гаррусом уже не выйдет.
Кроме того, вы теряете сильного и верного, проверенного временем и тяжелыми боями союзника, настоящего друга Шепарда.
Также в миссии на Палавене Викариан к вам не присоединится, если он погиб, что логично - задание продолжите в прежнем составе, в котором начинали его выполнять. Замены для Гарруса не предусмотрено, в отличие от многих других персонажей.
Кроме всего вышеперечисленного, есть другие мелкие изменения, но сильного влияния на сюжет ME3 это не имеет.