Сюжет Marvel's Avengers начинается с празднования грандиозного события - "Дня Мстителей", посвященного супергероям, стоящих на страже спокойствия и безопасности граждан. Однако прямо в такой день случается мощный взрыв на мосту "Золотые ворота", за которым стоит Таскмастер. Разумеется, происшествие не осталось незамеченным величайшими героями Земли, которая тут же рванула к месту событий, но в ходе противостояния Капитан Америка остался на авианосце организации "Щ.И.Т." Геликарриер, использующей нестабильный не проверенный до конца кристалл Терриген в реакторе. Последний взрывается, что привело к гибели персонажа.
После трагического события команда Мстителей распалась, но через какое-то время была вынуждена вновь собраться и объединить усилия для противостояния возникшей новой угрозе. Взрыв Терригена имел тяжелые последствия в виде тумана, накрывшего почти весь город, масса людей погибла, а уцелевшие получают сверхспособности, но в почти всех случаях те причиняют их владельцу только страдания, а их носителей остальные жители считают изгоями, в то время как виновниками всего называют Мстителей. Предстоит долгая и непростая борьба за правду, чтобы доказать, что команда супергероев была попросту подставлена.