В Mafia 3 сюжет рассказывает о нелегкой судьбе Линкольна Клэя - молодого мулата, только-только вернувшегося с фронта Вьетнамской войны. Линкольн - сирота, которого когда-то подобрал Сэм, владелец небольшого бара, ставший ему как родной отец.
Однажды Маркано, лидер мафиози в городе, решил заменить Сэма как раз Линкольном, участь Сэма при этом была предсказуемой. Однако Линкольн отказался предавать близкого человека, в результате чего едва не погиб сам и не смог защитить от налета того же Сэма и его сына.
Оклемавшись после тяжелейшего ранения в голову, Линкольн начинает вершить свою месть, пригласив для союза еще трех противников Маркано - Вито, Берка и Кассандру.
