Сюжет Hitman 3 завершает историю, начавшуюся в первых двух частях серии. Агент 47 объединяет усилия со своим старым другом, Лукасом Греем, их обоих курирует бессменная Диана Бернвуд. Цель всей троицы - ликвидировать Партнеров "Провиденс", однако ситуация сильно накалилась из-за того, что на них самих начата самая что ни есть настоящая охота.
В рамках дальнейших событий устраняется первый дуэт Партнеров, а еще что их смерит и контракты Лукаса организовал сам Константа. Сбежавшая из Дубая еще одна цель вернулась домой в Англию, где нужно с ней расправиться и попутно собрать данные по материалу дела об убийстве брата жертвы. Вскоре на Лукаса выходят сотрудники частной конторы CICADA, нанятой Константой, Грей сообщает главному герою, что Диане доверять нельзя и что Сорок Седьмому нужно срочно найти Оливию, после чего сводит счеты со своей жизнью, застрелившись, дабы обезопасить самого Агента 47.
А тем временем Константа посещает лично Диану и выдает ей информацию, что ее родителей убил лично Сорок Седьмой. Который тем временем таки связывается с Оливией и выезжает в Берлин. Там Оливия докладывает, что на них здесь уже ведется охота - в столице Германии действует сразу пятеро агентов МКА. Устранив их, встречаемся с Оливией - та говорит, что все данные на Константу ничего не стоят, но Сорок седьмой в курсе, где искать данные МКА, чтобы открыть их для общественности. Далее на связь с Дианой снова выходит Константа, который предлагает ей свою должность в будущем, Диана отвечает, что ей надо время обдумать это.
Данные МКА хранятся в китайском городе Чунцин, где мы их должны добыть и попутно ликвидировать двух наблюдателей за ядром данных. Добравшись до него, главный герой стирает все сведения о себе и об отношениях с Дианой.
Затем Диана устроила ошибочно встречу с Провиденсом Геральдом в качестве ловушки для Агента 47, который прибыл в Аргентину, чтобы как раз ее, Диану, устранить, однако девушка оказалась готовой к этому и с помощью эфирного нейротоксина обезвреживает протагониста. Однако умышленно использует малую дозу, чтобы сохранить ему жизнь. Константа также не хочет смерти 47-го, чтобы оставить его в качестве инструмента для себя. Но это все уже просчитано Дианой, которая нашла способ обернуть силу Константы против него же, утверждая, что как только мы расправимся с негодяем, она уничтожит весь Провиденс.
Мы в очередной раз просыпаемся в лаборатории Константы, оказавшись в Румынии. Садимся на поезд Провиденса, в котором и устраняем Эдвардса. Диана, глядя новости с информацией, что много исполнительных директоров Провиденса таинственным образом уволились, берет материалы дела о смерти своих родителей и бросает их в камин, срывает значок Провиденса и его тоже бросает в огонь.
В эпилоге показан телефонный диалог Сорок Седьмого с Дианой - агент говорит, что он с радостью примкнет вновь к МКА, так как это его жизнь, чем сюжет Hitman 3 и заканчивается.
