Миссии в Hitman 3 уже традиционно для всей трилогии после перезапуска серии представлены в количестве шести штук. Для каждой из них характерны свои уникальные особенности: архитектура уровней, цели главного героя, способы его взаимодействия с персонажами и так далее. Полный список миссий Hitman 3 выглядит так:
- "На вершине мира" - Дубай, Объединенные Арабские Эмираты: здесь нам предстоит расправиться с Карлом Ингрэмом и Маркусом Стейвесантом;
- "Смерть в семье" - поместье Торнбридж, Великобритания: необходимо найти файл-досье на Константу и попутно ликвидировать Алексу Карлайл;
- "Верхушка пищевой цепи" - Берлин, Германия: здесь вас ждет сразу пять целей в виде агентов МКА;
- "Конец эпохи" - Чунцин, Китай: Необходимо устранить Хаша и Имоджен Ройс; попутно желательно, но необязательно взломать Ядро данных МКА;
- "Прощание" - Мендоса, Аргентина: необходимо ликвидировать Дона Арчибальда Йейтса и Тамару Видаль; не устранять Диану Бернвуд;
- "Неприкасаемый" - Карпаты, Румыния: ликвидировать Артура Эдвардса, допустимо уничтожение также членов Провиденса, но не является обязательной задачей.
