Сюжет Hitman 2016 рассказывает о том, как Сорок седьмой поступил на службу в Агентство (ICA) и знакомится со своим будущим куратором Дианой, что и показано во вступлении. Основное же действо разворачивается уже двадцать лет спустя.
Сначала главный герой должен устранить лидеров тайной организации IAGO, промышляющей шпионажем и торговлей секретной информацией. Далее устраняет двух крайне опасных личностей, трудящихся над бактериологическим оружием и уничтожает предмет их трудов.
Затем Сорок седьмой убирает бывшего преступника-банкира, похитившего целое состояние, и заодно генерала, собравшегося устроить государственный переворот в Марокко.
Следующие на очереди - убийца, являющийся рок-звездой и его адвокат, сумевший уберечь негодяя от решетки. За этим идет ликвидация еще четырех целей в Колорадо, а также добыча полезной информации о следующих целях из секретного бункера там же.
Финальная миссия - устранение бывшего члена совета директоров ICA, предавшего агентство, а также информатора секретной организации в Японии.
