Сюжет Hitman 2 (2018) вполне логично и закономерно продолжает историю, начавшуюся в первой части после перезапуска: все те же мировые заговоры и сложные закулисные игры вокруг них.
В начале сиквела Диана заключила сделку с Провиденс, после чего отправляет Сорок Седьмого в Новую Зеландию с целью найти там данные о Теневом клиенте - именно там обитает его соратница. Добытые данные вывели Агентство на Роберта и Сиерру Нокс - тоже соратников все того же Теневого клиента, предавших Провиденс и покинувших ее. После ликвидации обоих выясняется, что Теневой клиент пользуется транспортной сетью колумбийского картеля, чтобы иметь возможность секретно перемещаться во всем мире - во главе группировки стоят Рико Дельгадо, Джордж Франко и Андреа Мартинес, всех приходится ликвидировать.
Далее действие переносится в Индию, где устраняются еще две цели, а Агентство узнает, где находится Теневой клиент, на встречу с которым наш герой и отправляется. Им оказывается Лукас Грей - старый знакомый Агента 47, который и раскрывает всю правду, что они оба были созданы и обучены, дабы стать совершенными убийцами для все того же Провиденса. Однако протагонист ничего не помнит из-за стертой создателями памяти.
В конечном итоге было решено уничтожить Институт и Провиденс, но настоящие имена Партнеров знает лишь главный контролер Провиденс - Константа. Однако кто он - неизвестно, это мы узнаем, отправившись в тихий пригород в Вермонте в США. Там удается выяснить, что на укромном острове в Северной Атлантике ожидается ежегодное собрание Общества Ковчега, где будет сам Константа и представители Провиденса. Двух лидеров последнего приходится уничтожить, а Константа был успешно похищен и доставлен на корабль.
Тот сообщает необходимые данные по поводу трех семей, объединившихся для создания Партнеров. Больше подробностей о последних удается раздобыть в банке в Нью-Йорке, что дает сделать выводы, что Партнеры утратили все рычаги влияния, а данные и ресурсы попали в руки некого Артура Эдвардса. Диана полагает, что им является тот самый Константа, однако тот умудрился сбежать, оставив лишь пустой стул. А Сорок седьмой тем временем отправляется на Мальту, чтобы убрать там очередных трех причастных ко всей этой заварухе, на чем игра и завершается.