Начало Half-Life 2 заключается в том, что мы видим лицо G-Man-а на черном фоне, который призывает Фримена проснуться, ибо его ждут "великие дела". Мы приходим в себя в вагоне поезда, причем один из пассажиров отмечает, что не видел, как мы вообще тут появились.
Поезд прибывает в Сити-17: административный центр Альянса, в котором также находится Цитадель, являющаяся главной базой этого самого Альянса. Едва выйдя из поезда, мы видим, что с миром после нескольких лет нашего отсутствия что-то не так: кругом вооруженные люди в масках, народ запуган, а по кругом расставленным мониторам транслируется пропаганда.
Выяснится, что открывшиеся порталы после событий первой Half-Life позволили вторгнуться на Землю внеземной организации Альянс, которая выкачивает из планеты ресурсы, превращает людей в практически роботов за счет вживления чипов, включает поля, препятствующие размножению... в общем, с этим придется бороться.
