Сразу же предупреждаем - в статье имеются спойлеры. Сюжет Half-Life: Alyx по своей сущности представляет собой предисловие ко второй части этой серии. События разворачиваются аж за пять лет до того, как Гордон Фримен на поезде прибыл в Сити-17. В качестве главной героини выступает Аликс Вэнс, которая в компании своего отца Илая в начале игры пытается похитить реактор у Альянса, но в конечном итоге попала к нему в плен вместе с отцом. Рассел, один из участников повстанцев, сумел вырвать Аликс из лап врага и дает рекомендации по части дальнейших действий, а также экипировку.
С помощью последней Аликс удается пустить транспортирующий ее отца поезд пот откос, тем самым Илая получилось спасти из плена. Теперь внимание сопротивления во главе с Илаем привлекает некое сооружение в карантинной зоне, названное "Хранилище", где хранится нечто важное для Альянса, возможно, некое прогрессивное оружие. Однако впоследствии удается выяснить, что это все же не оружие, а что-то, что серьезно пугает даже сам Альянс. "Подозрения" падают на Гордона Фримена.
В конечном итоге в этом самом "Хранилище" оказывается сам G-Man, которого Аликс благополучно вызволяет из плена, а тот взамен предлагает ей спасти жизнь своему отцу, перенеся ее в будущее на несколько лет. Она с этим справляется - Илай жив, однако теперь главная героиня Half-Life: Alyx нанята без своего согласия Джи-Меном и помещена в стазис. А Илай сокрушается о том, что она исчезла и обращается к Гордону, стоящему рядом, что есть много работы.
