Подземелье в Graveyard Keeper является весьма важной составляющей игрового процесса, так как там можно заработать немало серебра, золота и бриллиантов. Правда, чтобы зарабатывать эти ресурсы, нужно достигнуть пятого уровня локации, лишь после него каждый новый этаж будет вас радовать жилой полезных ископаемых (для серебра - 8 единиц, для золота - тоже восемь, для бриллиантов - четыре; при наличии шахтерского перка эти числа увеличатся до 9, 9 и 5 соответственно).
Структурно подземелье в Graveyard Keeper представляет собой целый ряд этажей, где игроку нужно зачищать местность от всех врагов и затем спускаться по лестнице на уровень ниже. Вполне предсказуемо каждый следующий этаж становится все сложнее, но усилия того стоят, так как по мере роста сложности растет и награда за ваши успехи. Всего здесь пятнадцать этажей.
Географически подземелье расположено под вашим домом и церковью, вход за воротами в туннелях под ними.