Сюжет Far Cry начинается с того, что бывший спецназовец Джек отправляется на архипелаг "райских" тропических островов, радующих лазурной водой, белоснежным песком, пальмами и прочей экзотикой. Попутчица сразу не сказала, что ей там понадобилось, а Джек давно уже отошел от воинских дел, занявшись прокатом всяческих плавсредств и доставкой клиентов на них же.
У берегов архипелага яхту Джека топит какой-то наемник, выпустив снаряд из гранатомета, сам Джек чудом спасается, а его попутчица Вэл куда-то исчезает. На связь выходит Дойл, который, как он сам говорит, стремится нам помочь.
Чем дальше, тем больше Джек понимает, что внешний облик островов сильно обманчив, что тут творится настоящий ад на земле, но пути к отступлению нет, только вперед - обезумевший доктор-генетик своими экспериментами грозит всему миру, а не только гряде островов. Впрочем, остановить безумца совсем непросто...