Начало Far Cry 6 знакомит нас с общей обстановкой в вымышленном государстве Ява в Карибском море, где местный диктатор устроил очень несладкую жизнь всем жителям. Это провоцирует отток населения из страны, что и пытается воплотить в жизнь главный герой Дани Рохас, однако сбежать не так-то просто.
Дани, сев на корабль, перевозящий беженцев в США, не подозревал, что среди этих беженцев вместе с ним оказался неполнолетний сын того самого диктатора Кастильо. Последнему не составило большого труда вычислить, где его ребенок и забрать его с лодки, а вот свидетели этого зрелища подлежали зачистке. В итоге лодка была обстреляна и затоплена, а главный герой в лице Дани оказался единственным, кому удалось пережить это и спастись, добравшись до берега. Теперь речь о побеге уже не идет - главный герой стремится расправиться с Кастильо и его режимом раз и навсегда, для чего выходит на повстанцев и объединяет с ними усилия.
