К сожалению, игра Fallout 4 все-таки изобилует багами, которые не предусмотрели разработчики. Так и в этом случае, если у вас не сохраняются настройки Fallout 4, значит, каким-то образом в эти настройки закралась одна абсолютно ненужная галочка.
Чтобы исправить это неловкое положение с необходимостью каждый раз при входе в игру заново настраивать всё, нужно отправиться по данному адресу: C:\Users\